El reino fungi es el reino de los hongos, aunque por mucho tiempo los científicos los catalogaron dentro del reino de las plantas por compartir con ellas algunas características, luego se dieron cuenta que también compartían muchas características con los animales por lo que al final decidieron separarlos y crear un reino aparte solo para ellos. Este es un grupo muy diverso al que pertenecen los mohos, los hongos, las levaduras entre otros, algunos son muy grandes, mientras otros son tan pequeños que solo se los puede apreciar gracias a la ayuda de un microscopio.
Se caracterizan por que sus células tienen una pared celular que no está compuesta de celulosa como en las plantas, sino está hecha de quitina como el exoesqueleto de los insectos. A diferencia de las plantas no realizan fotosíntesis, por lo que para alimentarse toman los nutrientes de la materia elaborada por otros organismos (son heterótrofos, como los animales) mediante el uso de enzimas que ayudan a descomponer y absorber los mismos. Pueden habitar casi todos los ecosistemas desde los desiertos hasta los bosques húmedos tropicales, como Mashpi Lodge, y pueden tolerar ambientes extremos como zonas de alta salinidad o fondos oceánicos.
Debido a la manera de alimentarse los hongos pueden ser clasificados en cuatro grupos generales: Saprófitos, cuando estos se alimentan de materia orgánica en descomposición. Parásitos, cuando la materia orgánica es tomada de otros organismos vivos. Liquenizados, cuando forman un organismo simbionte mezcla de un hongo y un alga o cianobacteria, de esta manera el alga fabrica el alimento para el hongo mientras este le de soporte y protección al alga. Y micorrizógenos, los cuales también forman una asociación simbiótica con la raíz de ciertas plantas, en la cual el hongo ayuda a la raíz a captar algunos minerales recibiendo de las plantas los carbohidratos y las vitaminas que no pueden elaborar.
La ciencia que estudia a los hongos se llama micología y en la actualidad se han descrito unas 110 000 especies, pero se estima que existe una diversidad total de 1.5 millones de especies, y aunque en Mashpi este es el grupo menos estudiado, sus formas, ecología e importancia inspiran a los investigadores del Ecuador a adentrarse en este mundo.