Las montañas noroccidentales de los Andes ecuatorianos están atravesadas por una desconocida maraña de venas y capilares, ríos y esteros, y de una ictiofauna (peces) más desconocida aún.  De lo poco que si se conoce, esta fauna de peces es completamente diferente al sur del mismo flanco andino. Los peces de estos ríos son pocos en diversidad en comparación con los que habitan los ríos del flanco oriental y amazónico, representando apenas el 10% del total de especies de peces de agua dulce del Ecuador; sin embargo, la mayoría son endémicas. Hasta el momento se han descubierto más o menos 20 especies de peces para la zona de la reserva de Mashpi, pero a medida que se explora más nuevas especies continúan apareciendo.

Una especie de mucho interés es la Preñadilla o Gato (Astroblepus cyclopus), un tipo de bagre, que se alimenta de macroinvertebrados y representa un buen indicador para la salud de un rio. Su nombre común nace de la creencia pre-Incaica de que para una mujer embarazada era bueno alimentarse de este pez para prevenir problemas durante el embarazo y luego el parto.

La fauna de peces del noroccidente esta sumamente amenazada por la acelerada destrucción de los bosques y de los ríos, sumado a la contaminación del agua y la introducción de especies agresivas como las truchas y las tilapias. Es de gran importancia que existan bosques en los cauces de los ríos; esto mantiene la humedad, atrapa el agua y la direcciona hacia los ríos y además provee de alimentación para los peces herbívoros que comen los frutos, flores y hojas que caen del bosque. El Mashpi es un cobijo para todos los ríos que nacen en sus montañas, y por ende para toda la ictiofauna que los habita.