La flora de Mashpi Lodge está definida por su geografía. La zona alta con sus pendientes escarpadas está dominada por árboles relativamente bajos, densamente habitados por las plantas aéreas, como las bromelias, las orquídeas y los musgos, que aprovechan de esta ubicación para nutrirse de los manjares que puedan cargar las nubes. Helechos y heliconias se levantan desde el suelo, y por ahí varios familiares del café (Rubiacea), con flores de aromas dulces y llamativos.

Gran parte de la reserva de Mashpi ha sido afectada por la extracción maderera durante mucho tiempo, así que todavía se encuentra en recuperación, donde los árboles más representativos son los pioneros como los Guarumos (Cecropias) que nacen rápidamente en los lugares donde han caído otros árboles y preparan el suelo para que luego se ocupado por árboles más grandes y longevos.  Aun así, la reserva mantiene partes intactas donde se evidencia los altos índices de endemismo.

Ecuador es uno de los países con el mayor número de orquídeas endémicas. En total se han registrado 179 especies de plantas pertenecientes a 61 familias, y todavía queda mucho por explorar y descubrir. En el año 2014 se identificó una nueva especie de Magnolia en la reserva – Magnolia mashpi –, la cual es endémica de la reserva. Es un árbol alto, con distinguidas flores grandes y blancas, y puede ser fácilmente observado desde “La Libélula”, en las alturas del Mashpi.